超高真空系统用泵的选择是重要的。表明超高真空泵应靠提供高的抽速(低的Q/S)并且减小由泵到真空室的返流(小的Po)来降低压强。这里,返流被定义为由泵到系统的任一种气体流或蒸气流。对超高真空系统来说,减少来自泵的污染的目的是同其它任何真空系统一样的,只是超高真空系统中极限压强和所容许的污染程度更低罢了。为了降低污染程度,必须严格遵守正确的抽气步骤。变暖了的液氮冷阱只要在几分忡内就能将所冷凝的蒸气返流到阱上方的清洁区域中去。虽然重新降温会阻止进一步污染,但事故中已扩散到清洁区域内的蒸气是无法再除掉了。在高真空范围内是无关紧要的事故会破坏低压强下所作的实验的真实性。每种类型的泵本身都具有它所特有的不能抽走而作为杂质存在的气体和蒸气物质。所以,一些泵和阱的联合使用能在尽量减小返流的同时对所有的气体都提供足移的抽速。扩散泵常与钛升华阱联用,低温冷凝泵和升华泵常与离子泵联用,而涡轮分子泵常辅以升华器。一般来说,没有两类超高真空系统会采用相同的泵的组合方案。虽然可以买到商用抽气系统,但对超高真空应用来说,通常是按其特殊要求来进行泵的设计和选择的。至今,在选择超高真空泵时仍保留了靠“优选”解决的简单技艺。